مرکز تحقیقات فن آوری پروتئین دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی در نظر دارد به عنوان یک مرکز تحقیقات معتبر علمی-پژوهشی کشوری و بین المللی در زمینه پپتید و پروتئین با ویژگی های زیر مطرح گردد:
شناخته شده به عنوان یک مرکز پیشگام در تولید دانش پپتید و پروتئین،
پاسخگو به نیازهای اساسی آموزشی -پژوهشی کشور در زمینه فن آوری پروتئین،
اولین مرکز در جذب، حمایت، تشویق و پشتیبانی از محققین و مبتکران از طریق تامین منابع و امکانات مورد نیاز برای پژوهش و توانمند سازی پژوهشگران علاقهمند به تحقیق در زمینه پپتیدها و پروتئینها،
بستری جهت هماهنگی و همکاری های علمی و تحقیقاتی با سایر مراکز تحقیقاتی معتبر و مرتبط و سامان دهی مدیریت پژوهشی در زمینههای مختلف علم پپتید و پروتئین و همسو نمودن کلیه پژوهش های کاربردی-بنیادی.