از حدود نیم قرن پیش که با تعیین ساختار DNA، جرقه تحولات شگرف و بیسابقه در زیست شناسی مولکولی و شناخت عملکرد سلولی زده شد، دانش و درک بشر از ماکرومولکول‌های زیستی به واسطه دسترسی به شیوه‌های پیشرفته سرعت چشمگیری یافته است. اسیدهای نوکلئیک، ذخایر اطلاعاتی سلول‌ها هستند، ولی پروتئینها بازیگران اصلی حیات موجودات معرفی شده‌اند و در عمل تقریباٌ اکثر فعالیت‌های واقعی سلول بر عهده پروتئینها است. بنابراین چندان شگفتی آور نیست که به دنبال تکمیل پروژه ژنوم انسانی، توجه جامعه علمی این چنین به سوی پروتئینها معطوف گشته است.از یک سو به دنبال پیشرفتهای فناوری DNA نوترکیب، تولید پروتئین‌هادر سطح انبوه امکانپذیر شده و از سوی دیگر توسعه فنون خالص سازی پروتئین و دسترسی به شیوه های دقیق و پیشرفته آنالیز، امکان درک بهتر از ویژگی‌ها و ساختمان پیچیده یک پروتئین را میسر ساخته است. همچنین بهره‌گیری از فناوری‌‌های پیشرفته ژنومیک و پروتئومیکس نیز امکان انتخاب سریع پپتیدها و پروتئین های نوین با کاربردهای متنوع درمانی را فراهم نموده است. با وجود گسترش فزآینده کاربرد پپتیدها و پروتئین ها در درمان بسیاری از بیماری‌های پاتولوژیک، طراحی سیستم های دارورسانی اختصاصی برای هدف درمانی با توجه به ناپایداری ذاتی، پیچیدگی ساختاری و در نتیجه لزوم حفظ یکپارچگی ساختاری برای بروز فعالیت زیستی ملکول‌های پروتئینی، به عنوان چالش اصلی این ترکیبات جهت ورود به عرصه بالینی مطرح گردیده و سبب شده است که در سالیان اخیر توجه بسیاری از محققین و متخصصین فرمولاسیون فرآورده‌های دارویی را برای تحقیق بر روی این موضوعات به خود جلب نماید.
مرکز تحقیقات فن آوری پروتئین دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی، به منظور ایفای نقش راهبردی در علم پپتید و پروتئین و با هدف انجام مطالعات مربوط به عملکرد پروتئین ها و اهمیت بیولوژیک آنها در سطح ملکولی و سلولی، انجام تحقیقات در زمینه شیمی و بیوشیمی پپتیدها و پروتئین ها (سنتز، تخلیص، تعیین خصوصیات و آنالیز پپتیدها و پروتئینها)، مطالعه ساختمان و پایداری پپتیدها و پروتئینها، ساخت و فرمولاسیون سیستم‌های متنوع دارورسانی پروتئینی، تولید فرآورده‌های نوترکیب (زیست فن آوری) و بررسی اثرات فارماکولوژی پپتیدها و پروتئینها بنیان گذاری شده است. درخواست اولیه تاسیس این مرکز با همفکری و مشارکت جمعی از اساتید دانشکده داروسازی دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی:
- دکتر افشین زرقی، استاد گروه شیمی دارویی
- دکتر علیرضا شفاعتی، استاد گروه شیمی دارویی
- دکتر حمید رضا مقیمی، استاد گروه فارماسیوتیکس
- دکتر حسن یزدان پناه، استاد گروه داروشناسی-سم شناسی
- دکتر رضا ابوفاضلی، استاد گروه فارماسیوتیکس
به عنوان اعضای هیات موسس ارائه گردید که پس از تائید توسط شورای دانشگاه در شهریور ماه 1390، در کمیسیون مورخ 1390/10/17 معاونت محترم تحقیقات و فن آوری وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی نیز مطرح و به تصویب رسید و به استناد رای صادره در جلسه 216 مورخ1391/3/23شورای گسترش دانشگاه‌های علوم پزشکی کشور، با تأسیس این مرکز موافقت اصولی بعمل آمد. در راستای همکاری‌های دو جانبه آموزشی و به ویژه پژوهشی با دانشکده داروسازی و نیز مشارکت در اجرای پروژه‌های تخصصی و گردآوردن متخصصان و محققان علاقه مند در زمینه پپتیدها و پروتئینها در کنار یکدیگر، این مرکز با استقرار در ساختمان دانشکده داروسازی دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی فعالیت خود را آغاز نموده است. در حال حاضر بسیاری از اعضای هیات علمی و محققین دانشگاه در زمینه های مختلف پژوهشی و بر اساس اولویت های تعیین شده با این مرکز همکاری دارند و این مرکز در مسیر دستیابی به رسالت و اهداف خود، از سایر مراکز تحقیقاتی و پژوهشی در داخل و خارج از کشور دعوت به همکاری می‌نماید.
به استناد رأی صادره در جلسه 290 شورای گسترش دانشگاه‌های علوم پزشکی مورخ 6/4/1402، با تأسیس مرکز تحقیقات فن‌آوری پروتئین دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی موافقت قطعی بعمل آمد.