بررسی شیمی و بیوشیمی پپتیدها و پروتئینها (از جمله جداسازی، شناسایی و تعیین ساختارکانفورماسیونی)، بررسی خصوصیات فیزیکوشیمیایی، سنتز شیمیایی، سنتز زیستی و مکانیسمهای ملکولی آن، مطالعه نقش و عملکرد ملکولهای زیستی،برهمکنش پپتیدها و پروتئین ها با سایر ملکول ها،
مطالعه آنالوگ های ترکیبات طبیعی و طراحی، مهندسی و توسعه ملکول های پپتیدی و پروتئینی،
بررسی کاربردهای متنوع پپتیدها و پروتئین ها در زمینه های مختلف علوم زیستی بویژه در حیطه های پزشکی و دارویی،
ساخت، خالص سازی، فرمولاسیون، دارورسانی و کنترل کیفی فرآورده های دارویی زیستی،
بکار گیری فن آوری های نوین و پیشرفته نظیر فن آوری زیستی، فن آوری نانو، بیوانفورماتیک و فن آوری اطلاعات در علوم پپتید و پروتئین،
تجهیز کتابخانه تخصصی و تسهیل دسترسی محققین به بانکهای اطلاعاتی مرتبط و منابع علمی معتبر، جمعآوری، تنظیم و طبقه بندی اسناد، مقالات ومدارک مربوط به فن آوریهای پروتئینی،
توسعه سیستم اطلاع رسانی به متخصصان و ایجاد بانک اطلاعاتی محققان علوم پپتید و پروتئین کشور،
جذب نیروی انسانی محقق و علاقمند،
تبادل دانش و اطلاعات با مراکز معتبر تحقیقاتی، علمی داخل و خارج کشور،
ارائه مقالات تخصصی در همایشهای داخلی و بین المللی،
برقراری نشستهای علمی و همایشهای کشوری و بین المللی، توسعه کارگاه ها و برگزاری دوره های آموزشی و پژوهشی کوتاه مدت، بلندمدت و تکمیلی،
انتشار کتب و مجلات تخصصی،
تلاش برای انتقال دانش و فن آوری و فن آوری به منظور ارتقاء صنعت پروتئین در کشور،
جذب منابع مالی به منظور راه اندازی و تجهیز آزمایشگاه های ویژه و تخصصی،
حضور مؤثر در طراحی، پیشنهاد و اجرای پروژه های ملی و بین المللی،
تقویت مشارکت متخصصین و تأکید بر همکاری تیمهای تحقیقاتی در اجرای پژوهش ها،
برقراری ارتباط با مؤسسات و شرکتهای دولتی و خصوصی فعال در زمینه تولید دانش و پژوهش های مرتبط با پپتیدها و پروتئینها و تعامل میان صنعت و دانشگاه.